Clara pour la génomique
Profitez d'une vitesse et d'une précision sans précédent dans le domaine de la génomique de précision grâce à la suite logicielle NVIDIA Clara™ pour la génomique.
Solutions rapides, précises et évolutives pour les workflows de bioinformatique
NVIDIA Parabricks
Accélérez l'analyse génomique
NVIDIA® Parabricks® est une suite logicielle de génomique évolutive pour l'analyse secondaire qui fournit des versions accélérées par GPU d'outils open source fiables.
Compatible avec les principaux instruments de séquençage, les chercheurs, les bioinformaticiens et les data scientists peuvent utiliser Parabricks dans divers workflows de bioinformatique.
Parabricks augmente la vitesse avec des temps d'exécution plus courts et réduit les coûts, tout en améliorant la précision et en garantissant la transparence. Les chercheurs peuvent ainsi découvrir et comprendre plus rapidement les mécanismes biologiques.
Modèles d'IA de NVIDIA
Déployez facilement des solutions à lignée germinale et à cellule unique
Les modèles d'IA de NVIDIA sont des modèles légers et facilement déployables pour l'analyse de lignée germinale et de cellules individuelles.
Conçus pour les bioinformaticiens et les fournisseurs de plateformes de génomique, les modèles d'IA permettent aux utilisateurs de déployer et de tester facilement NVIDIA Parabricks et NVIDIA RAPIDS™, y compris RAPIDS monocellulaire développé par scverse, sans nécessiter de GPU ni de provisions Cloud.
En évaluant et en élargissant facilement l'accessibilité des bibliothèques de génomique accélérée, les scientifiques et les chercheurs peuvent approfondir leur compréhension de la génomique en étant opérationnels plus rapidement.
NVIDIA NIM Microservices
Optimisez l'alignement et l'appel de variantes
Les microservices NVIDIA NIM™ sont prêts pour la production, optimisés et composables avec FQ2BAM pour l'alignement et DeepVariant pour l'appel universel de variantes.
Les data scientists et les développeurs peuvent accéder aux dernières avancées de l'IA générative avec des API aux normes de l'industrie qui facilitent la création et le déploiement d'applications cloud-natives.
Réduisez les analyses chronophages. L'alignement standard de l'industrie prêt pour la production s'effectue en quelques minutes au lieu de plusieurs heures. Optimisez en outre les performances de l'appel de variantes à partir de différentes plateformes de séquençage.
Technologies supplémentaires
Commencer
Mises à jour des produits
Découvrez les dernières actualités concernant les produits pour la génomique : nouvelles versions, corrections de bugs, mises à jour de sécurité essentielles, et bien plus encore.
Contactez-nous
Vous avez des questions ? Nos experts de la santé sont là pour vous aider.
FAQ
NVIDIA Parabricks est une suite logicielle accélérée par GPU conçue pour l'analyse génomique. Parabricks est compatible avec tous les principaux instruments de séquençage et prend en charge divers workflows de bioinformatique.
Parabricks accélère le traitement, réduit les coûts et améliore la précision de l'analyse génomique.
- Améliorer la précision : déployez des charges de travail de Deep Learning de haute précision sur tous les principaux séquenceurs.
- Accélérer le traitement : profitez d'une analyse du séquençage du génome entier (WGS) 108 fois plus rapide que les solutions basées uniquement sur CPU.
- Réduire les coûts : réduisez les coûts de calcul WGS à hauteur de 50 % par rapport aux solutions basées uniquement sur CPU.
Oui, les résultats de Parabricks correspondent à ceux des outils open source. Vous pouvez donc arrêter les outils open source et obtenir les mêmes résultats avec Parabricks. Vous trouverez les derniers bancs d'essai de la version 4.3.1 dans le tableau ci-dessous.
Performances en minutes. 30 fois plus de génomes entiers séquencés pour FQ2BAM, BWA-Meth, DeepVariant et Haplotype Caller avec les données Illumina. 50 fois plus de génomes entiers normaux des tumeurs séquencés pour Mutect2 avec les données Illumina.
Parabricks est disponible sous forme de conteneur public sur NVIDIA NGC™ pour une utilisation sur site ou sur n'importe quelle plateforme ou fournisseur de services cloud.
Pour les clients qui ont besoin d'une assistance pour Parabricks dans les flux de travail cliniques, les grands projets de séquençage, les plateformes à haut débit ou d'autres flux de travail nécessitant une assistance immédiate, NVIDIA propose NVIDIA AI Enterprise.
Parabricks peut être exécuté sur les systèmes de fournisseurs de cloud public, de plateformes et de partenaires, ainsi que sur site.
- Fournisseurs de cloud public : AWS, Google Cloud, Oracle Cloud, Microsoft Azure, Naver Cloud Platform, Baidu AI Cloud, Alibaba Cloud
- Plateformes et partenaires : DNAnexus, AWS, Terra, Velsera, FormBio, Lifebit
- Sur site : systèmes NVIDIA DGX, serveurs certifiés NVIDIA, Dell Technologies, Hewlett Packard Enterprise, Lenovo, Cisco, Atos, Supermicro.
Configuration matérielle requise
- Tout GPU NVIDIA prenant en charge l'architecture CUDA 70, 75, 80, 86, 89 ou 90 et disposant d'au moins 16 gigaoctets (Go) de RAM GPU. NVIDIA Parabricks a été testé sur les GPU NVIDIA Tensor Core suivants :
- V100
- T4
- A10, A30, A40, A100, A6000
- L4, L40
- H100, H200
- Grace Hopper™ Superchip
- L'outil fq2bam nécessite au moins 24 Go de mémoire GPU par défaut ; avec l'option mémoire réduite, ce chiffre tombe à 16 Go de mémoire GPU au prix d'un traitement plus lent. Tous les autres outils nécessitent au moins 16 Go de mémoire GPU par GPU.
- Configuration requise :
- Un système à deux GPU doit disposer d'au moins 100 Go de RAM CPU et d'au moins 24 threads de CPU.
- Un système à quatre GPU doit disposer d'au moins 196 Go de RAM CPU et d'au moins 32 threads de CPU.
- Un système à huit GPU doit disposer d'au moins 392 Go de RAM de CPU et d'au moins 48 threads de CPU.
Configuration logicielle requise
- Un pilote NVIDIA de version 525.60.13 ou supérieure
- Tout système d'exploitation Linux prenant en charge nvidia-docker2 Docker version 20.10 (ou supérieure)
- Vitesse la plus élevée : GPU NVIDIA H100 Tensor Core
- Moindre coût par échantillon : GPU NVIDIA L4 Tensor Core
- Toute nouvelle prise en charge : NVIDIA Grace Hopper Superchip
Parabricks est pris en charge par la plupart des GPU d'entreprise NVIDIA, y compris les GPU Tensor Core A100, A6000, A40, A30, A10, L40, T4 et V100.
Veuillez nous contacter pour nous poser votre question.
